A Coordenação de Proteção Ambiental é composta pelos Setores de Fiscalização, Controle do Entorno e Prevenção e Combate a Incêndios Florestais.
O Setor de Fiscalização é responsável pelo controle das infrações ambientais praticadas dentro da área do parque e em seu entorno imediato, realizando ainda operações em áreas consideradas vulneráveis e prioritárias para a conservação, que abrangem toda a região do Mosaico da Mata Atlântica Central Fluminense.
O Setor de Controle do Entorno atende a solicitações de autorização para licenciamento ambiental e autorizações diretas, observando a viabilidade ambiental dos empreendimentos, com atenção especial a possíveis impactos causados à biota da unidade. O setor atua também em apoio ao Ministério Público, realizando vistorias técnicas que subsidiam procedimentos e inquéritos de caráter ambiental.
O Setor de PREVENÇÃO E COMBATE A INCÊNDIOS FLORESTAIS - Brigada de Prevenção e Combate Aos Incêndios Florestais ICMBio PNSO, como o próprio nome diz, é responsável por evitar e combater incêndios no interior ou entorno do parque. Para tanto, a unidade mantém uma brigada de incêndios contratada durante o segundo semestre do ano, abrangendo assim o período mais seco do ano (julho a setembro), onde é maior a probabilidade de ocorrência de incêndios.
