A fauna do Parque Nacional da Serra dos Órgãos é bastante diversa e rica. A grande diversidade de hábitats, proporcionada pela variação no clima, nos tipos de solo, formações geológicas e diferenciadas formações vegetacionais explica a alta diversidade de espécies da fauna no Parque Nacional da Serra dos Órgãos.
Já foram registradas 462 espécies de aves, 105 de mamíferos, 102 de anfíbios, 81 de répteis, 6 de peixes e mais de 500 de invertebrados. O PARNASO protege 120 espécies de animais ameaçados de extinção (considerando as listas estadual, nacional e da IUCN), sendo 1 invertebrado terrestre, 2 peixes, 16 anfíbios, 1 réptil, 72 aves e 28 mamíferos. Entre os animais ameaçados protegidos pelo parque, destaca-se o muriqui (Brachyteles arachnoides), o maior primata das Américas.
As 750 espécies de vertebrados terrestres registradas na UC correspondem a 20% do
total de espécies deste grupo existentes no Brasil em uma área que corresponde a apenas 0,00125% do território nacional.
A proteção que os animais recebem no PARNASO, onde a pressão de caça é menor e a presença humana controlada, faz com que a área abrigue diversas espécies endêmicas e/ou ameaçadas, como a saudade de asa cinza e o macaco muriqui. A grande variação altitudinal em uma área relativamente pequena cria alta diversidade de ambientes e de fauna também. A riqueza de espécies de aves, répteis e anfíbios também é elevada, não tendo sido ainda completamente catalogada.
Entre os invertebrados a diversidade é altíssima e certamente existem muitas espécies ainda não descritas pela ciência protegidas no PARNASO. Um estudo com opiliões (animais queliceriformes semelhantes a aranhas), indicou a Serra dos Órgãos como área de maior diversidade para o grupo no Brasil.
Veja aqui a lista completa de fauna registrada no PARNASO.
