A área em que se insere o Parque Nacional da Serra dos Órgãos apresenta grande diversificação em tipos de solos. Estão presentes pelo menos cinco tipos de solos e diversas associações entre eles. O grupo dos Latossólos, compreendendo Latossol Amarelo, Latossol Vermelho Amarelo e Latossol Vermelho, é o que cobre a maior parte da área. O Litossol se restringe a pequenas áreas de maiores altitudes e os solos hidromórficos ocorrem nas regiões mais baixas, às margens dos rios. Os três tipos de solos que fazem parte do grupo de Latossólos apresentam um conjunto de características que permitem a inclusão de todos em uma só unidade taxonômica. De um modo geral, este solos apresentam perfis bastante profundos, pouco diferenciados, sendo pouco nítido o contraste entre seus horizontes.
Por isto e pela presença de largas faixas de transição entre eles, os perfis se caracterizam por apresentar sub-horizontes muito pouco individualizados, com transições graduais ou difusas. Esses solos apresentam um horizonte A com cerca de 35cm de espessura, de coloração predominante Bruno escuro; um horizonte B profundo, com cerca de 270cm, de coloração mais intensa, variando entre vermelho e amarelo, de aspecto terroso, macio, friável e poroso. O horizonte C também é bastante profundo, geralmente de coloração avermelhada. Os solos desse grupo raramente apresentam alto grau de erosão em sulcos. A rocha matriz é geralmente granito ou gnaisse-granítico.
Os solos hidromórficos, presentes apenas em locais mais baixos, próximos de rios, sofrem a influência de excesso de umidade, por algum tempo, durante o ano. Na região do Parque, esse tipo de solo é encontrado ao sul dos limites, nas regiões mais próximas da faixa litorânea, de relevo mais suave, que permite um maior acúmulo de água nos solos. O Litossol é encontrado somente em regiões de cotas elevadas. São solos muito rasos, cujos horizontes não se apresentam diferenciados ou estão pouco desenvolvidos, quando presentes.
